Vitenskapen har regnet ut at pyramidene kan stå i enda 65 000 år før de vil være erodert bort. Dette er lenger enn noen annen menneskeskapt bygning på jorden, så hvordan ble disse kolossale konstruksjonene bygget – og hvorfor? "Pyramidenes gåte" etterprøver de mest seriøse og spektakulære teorier. Blant annet sendes et ubemannet kjøretøy inn i helt nye områder, samtidig som man forsøker å finne svar på de avgjørende spørsmålene: Hva er pyramidenes virkelige betydning? Hvordan ble de bygget? Er Khufus’ gravkammer fremdeles skjult i det indre?