Kampen om fred fortsetter når Jediridderne returnerer til Geonosis for å ødelegge separatistenes våpenfabrikk, men det viser seg at de også må takle en horde med vandøde krigere i den geonosianske undergrunnen og forhindre at en pest av tankekontrollerende hjerneormer sprer seg over hele galaksen. I tillegg blir Jedi-mesteren Eeth Koth tatt som gissel av den onde General Grievous, noe som igangsetter en farlig lek. Anakin, Obi-Wan og Adi Gallia setter i gang en redningsaksjon for å redde kameraten, men ingenting går som planlagt.
